Antecedentes
La Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, aprobada por el Congreso de la Unión en 1987, estableció líneas generales para lograr la coordinación interinstitucional de los tres ámbitos de gobierno en materia ecológica.
En este sentido, en el Estado de México fue necesario crear un organismo público para lograr la coordinación de los esfuerzos de la Administración Pública Estatal y Federal, orientados a la solución de los problemas ambientales a través de la concertación de acciones con los sectores social y privado. De esta manera, el 18 de febrero de 1988, mediante Acuerdo del Ejecutivo, se creó la Comisión Estatal de Ecología, como un órgano desconcentrado dependiente del Poder Ejecutivo.
En el año 1991, la Legislatura Local aprobó la Ley de Protección al Ambiente para el Desarrollo Sustentable del Estado de México, con el objeto de establecer las normas de protección y restauración del ambiente, así como la conservación y aprovechamiento racional de los recursos naturales, señalando en su artículo 8° , que la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México determinará el órgano a través del cual el Ejecutivo Estatal ejercerá las atribuciones de ese ordenamiento.
Con la finalidad de fortalecer al subsector ecología, que en ese momento estaba adscrito a la Secretaría de Desarrollo Urbano y Obras Públicas, el 24 de diciembre de 1991 se creó la Secretaría de Ecología, dependencia encargada de la formulación, ejecución y evaluación de la política estatal en materia ambiental.
A partir de 1995, la Secretaría de Ecología ha sido sujeta a diversos procesos de reestructuración, entre los que destaca el realizado en el año 2000, del cual se reorientaron las funciones de las unidades administrativas sustantivas y se fortaleció la desconcentración territorial de esta dependencia. Posteriormente, en el año 2001 destaca la creación de la Subsecretaría de Prevención y Control de la Contaminación, con la finalidad de agrupar bajo una sola línea de mando, funciones afines y complementarias.
En mayo de 2004 nuevamente se modifica la estructura de organización de esta dependencia, derivado de la revisión de sus programas, lo que permitió contar con una estructura de organización con instancias de decisión más cercanas a los niveles operativos.